Viện là đơn vị tài chính cấp 4, có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng và được quyền mở tài khoản giao dịch tại ngân hàng, Kho bạc Nhà nước. Viện là đơn vị hạch toán độc lập, thực hiện báo cáo thuế cho cơ quan thuế theo quy định của pháp luật. Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên quyết định bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức các chức danh Viện trưởng, Phó Viện trưởng của Viện Tế bào gốc. Viện trưởng chịu trách nhiệm trước Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Viện.  Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên ban hành Quy chế tổ chức và hoạt động của Viện. Viện Tế bào gốc chịu sự quản lý trực tiếp của Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên.

Viện được quyền tổ chức, tập hợp và khai thác các tiềm năng khoa học kỹ thuật trong đội ngũ cán bộ nghiên cứu, sản xuất và đào tạo thuộc lĩnh vực hoạt động phù hợp với nhiệm vụ của Viện đã đề ra.

Viện Tế bào gốc có nhiệm vụ trong: nghiên cứu, đào tạo, sản xuất, và thực hiện dịch vụ.

Viện Tế Bào Gốc hướng đến việc trở thành:

• Đơn vị đi đầu trong lĩnh vực nghiên cứu cơ bản định hướng ứng dụng trình độ cao về tế bào gốc và công nghệ sinh học
• Đơn vị mạnh trong nghiên cứu triển khai, ứng dụng và phát triển các công nghệ cốt lõi, mang tính đột phá trong lĩnh vực chuyên ngành
• Đơn vị mạnh trong tư vấn thiết kế, chuyển giao các công nghệ về tế bào gốc và công nghệ sinh học có ý nghĩa khoa học và thực tiễn cao nhằm phục vụ hiệu quả cho nhu cầu của xã hội
• Đơn vị dẫn đầu trong đào tạo học viên cao học, nghiên cứu sinh, kỹ thuật viên và chuyên viên trong lĩnh vực tế bào gốc tại Việt Nam, có năng lực ngang tầm quốc tế
• Đơn vị dẫn đầu về liên kết, hợp tác đa ngành, ứng dụng các công nghệ lõi trong lĩnh vực tế bào gốc và công nghệ sinh học trong nước và quốc tế

Trách nhiệm của Viện Tế Bào Gốc:

• Thực hiện đúng các chủ trương chính sách, các quy định của pháp luật và các quy định của Trường trong mọi hoạt động của Viện
• Hoạt động của Viện theo đúng quy định của pháp luật hiện hành đảm bảo thực hiện đầy đủ các nhiệm vụ theo quy định của nhà nước và của Trường
• Xây dựng các dự án/đề án mới, có tính khoa học và thực tiễn cao, tìm kiếm nguồn kinh phí duy trì hoạt động nghiên cứu và các hoạt động khác tại Viện
• Đào tạo đội ngũ nhân lực cao cho xã hội về lĩnh vực Tế bào gốc
• Hỗ trợ công tác giảng dạy và nghiên cứu về sinh học và tế bào gốc trong Trường Đại học Khoa học tự nhiên

Hội đồng Viện do Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên quyết định thành lập theo nhiệm kỳ của Hiệu trưởng

Thành viên của Hội đồng Viện bao gồm 05 hoặc 07 thành viên gồm: đại diện của cơ quan chủ quản, Viện trưởng và một số chuyên gia do Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên quyết định mời và bổ nhiệm

Hội đồng Viện có nhiệm vụ tham mưu cho Viện trưởng các vấn đề về chiến lược, kế hoạch trung hạn, dài hạn và hàng năm của Viện; chủ trương đầu tư mở rộng hoạt động, thành lập, tổ chức lại, giải thể các đơn vị chức năng, đơn vị trực thuộc; chủ trương lớn về tổ chức, nhân sự (bổ nhiệm, khen thưởng, kỷ luật viên chức, người lao động); báo cáo quyết toán tài chính hàng năm, thực hiện kiểm tra, giám sát việc thực hiện kế hoạch, việc triển khai quy chế dân chủ cơ sở và các vấn đề quan trọng khác của Viện theo quy định của pháp luật

Hội đồng họp theo định kỳ ít nhất 01 lần/năm hoặc họp đột xuất theo đề nghị của Viện trưởng hoặc Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên

Hội đồng làm việc theo nguyên tắc tập thể, quyết định các vấn đề theo đa số và được thể hiện trong Nghị quyết của Hội đồng

Hội đồng Khoa học và Đào tạo do Hội đồng Viện giới thiệu và do Viện trưởng ra quyết định công nhận theo nhiệm kỳ Viện trưởng

Hội đồng Khoa học và Đào tạo có chức năng tư vấn cho Viện trưởng về các hoạt động chuyên môn của Viện

Viện trưởng bổ nhiệm, miễn nhiệm các thành viên của Hội đồng Khoa học và Đào tạo

Viện trưởng do Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm, cách chức. Nhiệm kỳ của Viện trưởng theo nhiệm kỳ của Hiệu trưởng. Viện trưởng chịu trách nhiệm trước Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên và trước pháp luật liên quan đến các hoạt động của Viện.

• Viện trưởng là người đại diện theo pháp luật của Viện Tế bào gốc trong quan hệ với các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước
• Quyết định việc sắp xếp, điều chỉnh tổ chức bộ máy của Viện, quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, quy chế hoạt động của các bộ phận, các tổ chức thuộc trên cơ sở tự cân đối nguồn lực để đảm bảo cho hoạt động của đơn vị
• Quyết định bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm, cho từ chức và miễn nhiệm cấp trưởng, cấp phó các đơn vị chức năng và các đơn vị trực thuộc khác
• Đề xuất nhân sự và trình Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên quyết định bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm các Phó Viện trưởng
• Ký kết hoặc ủy quyền cho các Phó Viện trưởng ký kết các hợp đồng kinh tế, hợp đồng làm việc, hợp đồng lao động, hợp đồng nghiên cứu khoa học, hợp đồng chuyển giao công nghệ và các loại hợp đồng khác theo quy định của pháp luật trong phạm vi hoạt động của Viện
• Quyết định nâng bậc lương thường xuyên cho viên chức và người lao động theo quy định của pháp luật về thời hạn nâng bậc lương của từng ngạch viên chức (trừ viên chức ngạch nghiên cứu viên cao cấp và tương đương trở lên); quyết định nâng lương trước thời hạn theo quy định cho những người đạt thành tích xuất sắc trong công tác theo quy định; quyết định tăng lương vượt một bậc trong cùng một ngạch theo quy định cho những người có thành tích đặc biệt xuất sắc, mang lại lợi ích thiết thực cho đơn vị và đóng góp cho xã hội.
• Quyết định khen thưởng, kỷ luật các viên chức, người lao động hoặc đề xuất xử lý theo quyền hạn được phân cấp

• Trong thời hạn 10 ngày làm việc, kể từ ngày ra quyết định các vấn đề sau, Viện trưởng phải gửi các quyết định cho Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên theo dõi, kiểm tra:
  • Quy hoạch phát triển, kế hoạch hoạt động và biện pháp thực hiện;
  • Quy chế chi tiêu nội bộ, Quy chế dân chủ cơ sở.
• Chịu trách nhiệm về việc sử dụng vốn và tài sản của Viện theo các quy định của pháp luật
• Chịu trách nhiệm về toàn bộ hoạt động của Viện, chịu trách nhiệm về những sai phạm xảy ra trong đơn vị
• Tổ chức công tác kế toán – tài chính, dự toán và quyết toán theo các quy định của pháp luật hiện hành
• Phối hợp với tổ chức Công đoàn tại đơn vị thực hiện quy chế dân chủ cơ quan, ký kết và thực hiện thỏa ước lao động tập thể, xây dựng quy chế thu chi nội bộ và nội quy lao động của đơn vị, tổ chức hội nghị CBVC hàng năm để thông qua các văn bản này và tổ chức thực hiện

Viện có từ 1 đến 3

• Các Phó Viện trưởng do Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm, cách chức theo đề xuất của Viện trưởng
• Các Phó Viện trưởng là người giúp Viện trưởng thực hiện các nhiệm vụ theo phân cấp quản lý

Các đơn vị chức năng: các phòng, ban, bộ phận có chức năng chuyên môn, tham mưu, quản lý và quản trị theo sự chỉ đạo của Viện trưởng nhằm phục vụ cho hoạt động của Viện

Các đơn vị trực thuộc (nếu có): hoạt động theo từng lĩnh vực được Viện trưởng tổ chức và chỉ đạo trong lĩnh vực chuyên môn và hoạt động kinh doanh theo kế hoạch được Hội đồng Viện xét duyệt

Viện trưởng tự quyết định cơ cấu các đơn vị chức năng và các đơn vị trực thuộc, sau đó báo cáo bằng văn bản cho Hội đồng Viện và Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên

Trường hợp đầu tư vốn thành lập công ty, góp vốn liên doanh, góp vốn vào công ty khác, hoặc sáp nhập, chia tách, giải thể các công ty trực thuộc, rút vốn, thu hồi hoặc chuyển nhượng vốn góp tại các công ty liên doanh, hoặc tại công ty khác thì Viện trưởng phải lập dự án trình Hội đồng Viện và Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên xem xét, quyết định bằng văn bản trước khi triển khai thực hiện